Las hembras alcanzan la madurez sexual con una longitud menor que los machos, por encima de los 2,1 m de longitud total, con una edad mínima de ocho años. Los machos parecen mostrar actividad sexual después de los 2,5 m en estado silvestre, sin embargo parece haber un patrón fisiológico que hace difícil que un macho de tallas menores a 2,5 m sea fértil.
En otras latitudes, se ha observado que la anidación es un proceso comunal por parte de las hembras, lo cual sugiere que el cocodrilo es una especie con una estructura social. Generalmente las hembras retornan al mismo nido en años siguientes, por lo que las hembras suelen tener dos áreas separadas de actividad. Sin embargo, en algunos casos la postura de huevos en su hábitat natural no se da todos los años por causas naturales como procesos geomorfológicos,inundaciones, los cuales modifican los sitios de anidación o por la intervención del hombre.
Por otro lado, los nidos se ven afectados por el tipo de sustrato, el material con el que son construidos, anormalidades en la época de lluvias, pH, humedad y temperatura. La región de Tumbes, es uno de los sitios donde el ENOS presenta fuertes repercusiones sobre los cauces de los ríos debido a las crecidas provocando inundaciones y erosión. Además, la deforestación debido a las diferentes actividades antrópicas en las márgenes del río Tumbes y en los esteros,estaría reduciendo y modificando las zonas potenciales de anidación para el Cocodrilo de Tumbes, lo cual también estaría disminuyendo su viabilidad a futuro. Mazzotti (1989) destacó la importancia de conocer los factores que afectan el éxito reproductivo de la especie,para asegurar su sobrevivencia.
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